Poleg tega, da je zavezanec za vzpostavitev notranje prijavne poti in organ za zunanjo prijavo, ima Komisija v zvezi z zaščito prijaviteljev in izvajanjem ZZPri naslednje pristojnosti:
- svetuje prijavitelju, ki je bil deležen povračilnih ukrepov, o pravnih možnostih in mu v okviru svojih pristojnosti pomaga v upravnih in sodnih postopkih zaradi povračilnih ukrepov;
- prijavitelju za namen uveljavljanja zaščitnih ukrepov izda potrdilo o upravičenosti do zaščite v skladu z drugim odstavkom 20. člena ZZPri;
- prijavitelju nudi podporne ukrepe in pomoč pri uveljavljanju zaščitnih ukrepov v skladu z ZZPri;
- zagotavlja celovite informacije in nasvete, zlasti v zvezi s postopki in pravnimi sredstvi, ki so na voljo prijavitelju;
- svetuje in nudi pomoč zaupniku in uradni osebi za zunanjo prijavo, kadar nudita zaščito prijavitelju pred povračilnimi ukrepi;
- svetuje in nudi pomoč zavezancem in organom za zunanjo prijavo pri vzpostavitvi poti za prejem notranje in zunanje prijave;
- izdaja priporočila in pojasnila o vprašanjih, povezanih z vsebino ZZPri;
- na podlagi letnih poročil zaupnikov in organov za zunanjo prijavo pripravlja skupno letno poročilo o obravnavi prijav kršitev po ZZPri;
- vodi in obravnava prekrškovne postopke v zvezi s sistemskimi kršitvami ZZPri in drugimi kršitvami v primerih, ko obravnava zunanjo prijavo.