Komisija najprej ugotovi, ali iz navedb prijave izhaja sum kršitve iz pristojnosti Komisije. Glede na to, kakšne so ugotovitve predhodnega preizkusa, je možno dvoje:

• Če prijava ne vsebuje suma kršitev iz pristojnosti Komisije, se zadeva zaključi s sklepom predsednika Komisije ali njegovega namestnika ter se obravnava prijave iz pristojnosti Komisije ne nadaljuje (obravnava prijave se zavrne ali zavrže). Če je za obravnavo prijavljenih kršitev pristojen drug organ, se opravi odstop prijave. Komisija o postopanju s prijavo prijavitelje obvešča na podlagi njihove prošnje;

• Če je sum kršitev Zakona o integriteti in preprečevanju korupcije (ZIntPK) razviden, gre prijava v nadaljnjo obravnavo oziroma v nadaljnji postopek – preiskavo.

V primeru, ko iz prijave izhaja sum kršitev iz pristojnosti Komisije, se začne preiskava. Ko je na seji senata sprejeta odločitev o uvedbi preiskave, Komisija vse obravnavane osebe obvesti o uvedbi preiskave ter jih seznani z vsemi pravicami, ki jih imajo v postopku pred Komisijo. V tej fazi Komisija pridobiva dodatne informacije od oseb javnega in zasebnega sektorja, vzpostavi sodelovanje z drugimi pristojnimi organi, opravlja potrebne razgovore in zaslišanja obravnavanih oseb in morebitnih prič ter izvaja tudi dokaze, ki jih predlagajo obravnavane osebe.

ZIntPK sicer določa, da morajo državni organi, organi samoupravnih lokalnih skupnosti in nosilci javnih pooblastil ter druge pravne osebe javnega in zasebnega prava Komisiji na njeno obrazloženo zahtevo, ne glede na določbe drugih zakonov in ne glede na obliko podatkov, v določenem roku brezplačno posredovati vse podatke (tudi osebne) in dokumente, ki so potrebni za opravljanje zakonskih nalog Komisije. Če je naslovnik zahteve Komisije Banka Slovenije, izmenjava podatkov poteka skladno s pravom Evropske unije, ki ureja izmenjavo nadzornih in statističnih informacij ter varovanje poklicne skrivnosti, in z določbami predpisov, ki glede navedenih vsebin zavezujejo Banko Slovenije.

Faza preiskave je zaključena s pripravo osnutka odločitve Komisije.

Osnutek odločitve Komisija obravnava na seji senata, pri čemer so odločitve Komisije odvisne od vsebine zaključkov pri reševanju zadeve. Tako lahko Komisija zadevo zaključi na več načinov, odvisno tudi od tega, za sume katerih kršitev gre:

• Sum korupcije: Če Komisija v okviru postopka zaradi suma korupcije zazna znake kaznivega dejanja, nemudoma vloži ovadbo. Postopek zaradi suma korupcije lahko Komisija z vložitvijo ovadbe zaključi, lahko pa izda in javno objavi tudi načelno mnenje, v katerem se na načelni ravni opredeli do ugotovljenega ravnanja in do morebitnih sistemskih pomanjkljivosti ali neskladij, ki omogočajo takšno ravnanje, ter predlaga ukrepe za izboljšanje stanja. Načelno mnenje lahko Komisija izda tudi, če ne zazna znakov kaznivega dejanja.

• Sum kršitve integritete uradne osebe: Komisija izda ugotovitve o konkretnem primeru, ki vsebujejo opis dejanskega stanja, oceno kršitve uradne osebe z vidika krepitve integritete in v primeru ugotovljenih nepravilnosti pojasnilo, kakšno bi bilo pričakovano ravnanje. Osnutek ugotovitev o konkretnem primeru Komisija pošlje obravnavani uradni osebi, ki se lahko izjasni o navedbah glede dejanskega stanja.

• Sumi kršitev drugih določb ZIntPK (glede protikorupcijske klavzule ter izjave o lastniški strukturi, zaščite prijavitelja, nezdružljivostu funkcij ter prepovedi dejavnosti ali članstva, sprejemanja daril, omejitev poslovanja, nasprotja interesov, prijave premoženjskega stanja ter nesorazmernega povečanja premoženja, lobiranja ter načrtov integritete):  
  V primeru prekrškovnih določb za posamezne kršitve pooblaščena uradna oseba Komisije uvede prekrškovni postopek in odloči o prekršku. V primeru, če posamezne kršitve zakon ne opredeljuje kot prekršek, Komisija izvede ugotovitveni postopek, ki poteka v že omenjenih fazah, tj. predhodni preizkus in preiskava.

• Odstop prijave v reševanje drugemu pristojnemu organu: To stori, kadar reševanje prijave pokaže, da gre v obravnavanem primeru (tudi) za sum kršitve iz pristojnosti drugih organov.

• Priporočila organom: To Komisija stori, če zazna, da obstajajo korupcijska tveganja; subjektom se izda priporočilo, kako ta tveganja v prihodnje upravljati.

• Zaključek zadeve z ustavitvijo postopka: če zaključki reševanja prijave ne potrdijo kršitev iz pristojnosti Komisije, kot tudi ne kakršnihkoli drugih kršitev izven njenih pristojnosti, Komisija sprejme odločitev o ustavitvi postopka in zadevo arhivira.

Komisija namenja posebno pozornost rednemu, celovitemu in objektivnemu obveščanju splošne in strokovne javnosti o svojem delu, pri čemer ob interesu javnosti upošteva tudi varovanje integritete organa, interese postopkov pred Komisijo in pred drugimi pristojnimi organi, zaščito prijaviteljev ter dostojanstvo in pravice oseb v postopkih Komisije. 

Komisija lahko javno objavi ugotovitve in druge odločitve, ki se nanašajo na omejen krog uradnih oseb, in sicer na funkcionarje, uradnike na položaju, poslovodne osebe in člane organov upravljanja, vodenja in nadzora v subjektih javnega sektorja ali na pravno osebo. Ugotovitve lahko Komisija objavi po preteku roka za vložitev tožbe v upravnem sporu, če ta ni vložena, oziroma po odločitvi sodišča v upravnem sporu. 

V povezavi s prekrškovnimi odločbami lahko Komisija z namenom preprečevanja in odvračanja ravnanj, ki pomenijo kršitve ZIntPK, po pravnomočnosti odločbe o prekršku, ki se nanaša na funkcionarja, odločitev predstavi javnosti z objavo, ki obsega podatke o kršitelju, kršitvi in izrečeni sankciji. Objava je na spletni strani dostopna pet let.